Foi na segunda metade do século XVIII, ano de 1763, que a família Pires Pimentel fez uma doação ao Clero de um pequeno terreno para que fosse construída uma capela em homenagem à Nossa Senhora da Conceição. Esse feito foi uma promessa à Virgem que Dona Ignácia da Silva Pimentel fez para curar seu marido Antônio Pires Pimentel de uma grave doença.

Alcançada a graça, em agradecimento, o casal doou um terreno no alto de uma colina (hoje a praça central) para venerar a Santa. Na verdade, naquela ocasião, já havia no local uma população considerável. Mas este fato acaba por tornar-se o marco político da fundação da cidade.

E a partir de então, o local ficou conhecido e começou a servir de passagem e descanso para tropeiros. E começaram a surgir, ao redor da capela, mais ranchos e barracas. Assim teve início o pequeno povoado que recebeu o nome de Conceição do Jaguary e que tem como data de fundação o dia 15 de dezembro de 1763.

Pouco tempo depois, em 13 de fevereiro de 1765, o povoado é reconhecido e recebe o nome de Distrito de Paz e Freguesia de Conceição do Jaguary. Quatro anos mais tarde, Conceição do Jaguary, que pertencia ao município de São Paulo, passou a pertencer à Vila de São João de Atibaia (hoje Atibaia). Cinco dias depois, Conceição do Jaguary recebe seu primeiro vigário e é elevada a Paróquia.

Em outubro de 1797, Conceição do Jaguarí consegue finalmente sua emancipação e é elevada à categoria de Vila, com o nome de Vila Nova de Bragança (em homenagem a Dona Maria I, pertencente à Dinastia de Bragança de Portugal), desligando-se então de Atibaia.

Aos poucos, as barracas dos Bandeirantes iam sendo trocadas por casas de pau a pique. Nessa fase iniciam-se os conflitos entre São Paulo e Minas Gerais pela demarcação de seus territórios e a Vila Bragança torna-se estratégica e fundamental para a capitania paulista.

E em 20 de abril de 1856, foi elevada à categoria de “cidade”, passando a denominar-se Bragança. Três anos depois, em 6 de maio 1859, foi criada a Comarca de Bragança compreendendo as cidades de Bragança, Atibaia, Nazaré, Amparo e Santo Antônio do Curralinho (hoje Piracaia), além de Pedra Bela, Pinhalzinho, Vargem e Tuiuti (estas duas últimas desligadas anos mais tarde).

Em 30 de novembro de 1944, para diferenciar-se da cidade do Pará que tinha o mesmo nome, passou a chamar-se Bragança Paulista. E em virtude de seu excelente clima, em 28 de outubro de 1964, foi elevada à categoria de Estância Climática. Em 24 de fevereiro de 1964, perde parte de seu território, com o desmembramento dos distritos de Vargem, Pinhalzinho e Pedra Bela. Em 17 de abril de 1970, Vargem é reintegrada ao território bragantino. E em 30 de dezembro de 1991, novamente Vargem e também Tuiuti separam-se de Bragança Paulista.